我想申请马来西亚的博士，请问是否可以不用三年都在马来西亚？

可以的，你说的是授课型博士，毕业周期最短。
研究型博士，毕业周期较长，大部分时间必须留在马来西亚。
根据自己的情况选择。还有你提到的第二和第三年想偶尔过来一下，这个只要学生签证按时续签，可以随时来马来西亚的。