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[闲聊] 俄罗斯一女子体内发现 18 种变异新冠病毒，为什么会出现这种情况？这意味着什么？

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512178536 发表于 2021-1-14 09:06:32 | 只看该作者 打印 上一主题 下一主题
 
俄罗斯一女子体内发现 18 种变异新冠病毒，为什么会出现这种情况？这意味着什么？


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标签：俄罗斯为什么出现这种意味
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沙发
cccwer天枰 发表于 2021-1-14 09:06:52 | 只看该作者
 
其实被“标题党”了。
不是十八罗汉齐聚，而是一个病毒学会了十八般武艺。
简单总结：
1，该女性并不是有18种毒株，而是一个毒株上面出现了多个变异。
2，造成这种情况的因素包括，选择压力放松导致变异积累，正选择留下了更强变异，癌症治疗导致变异增加。


早上看到这个新闻，十分震惊，甚至让我感觉到来错了星球。
因为出现这么多种变异株共存的可能性简直就是个奇迹，我当时觉得我宁可相信她是被反复感染了。
但是本着一贯的求证精神以及反复被中文媒体忽悠的教训，还是寻找了下原文，结果发现，又一次被中文翻译给忽悠了。
https://virological.org/t/emergence-of-y453f-and-69-70hv-mutations-in-a-lymphoma-patient-with-long-term-covid-19/580原文在上述链接中，人家正文提到的是：
independent gain of 18 new mutations over more than 4 months of the disease. These include the S:Y453F and Δ69-70HV mutations
真正的意思是：该女子体内的病毒在4个月内容独立获得了18个新的变异。
其实这样就容易理解多了，也正常多了。
这种情况，大概率是进化中常见的两个因素叠加：选择压力放松和正选择。
————一点基础知识科普（可跳过）————
在开始前，我们先简单的说一个基本的事实，那就是，无论是病毒还是其他生物，会一直发生变异。
这里面的变异可能是由于外界的刺激，比如物理因素如紫外线照射、化学因素如各种致癌物或者生物因素等。而更常见的因素是因为细胞在复制过程中的随机错误，基因复制并非百分之百精确地，会随机出现错误，当然，为了应对这些问题，机体也会有一系列修复机制来修复这些错误，但是这些修复并非百分之百精确地，最终结果就是随着复制的进行，变异越来越多。所以，哪怕是同卵双胞胎，其基因也并非完全一致。
这一道理，在病毒中也存在，病毒也是在不断复制，而且由于病毒本身的修复机制更弱，所以积累突变更容易。
因此，在新冠病毒疫情初期，也就是2020年1月初的时候，新冠病毒都已经有了13个变异了。
进化论告诉我们，变异是原料，选择才是决定进化的结果。
病毒的变异并非可以全部保留下来，还要靠选择。
有的变异影响了病毒的生存，那么就会被选择给抛弃，而那些能够让病毒更好存活的，于是就更有可能被固定下来。
但是选择可不是一成不变的，也会随着很多因素变化。
选择压力放松，通俗的说，就是选择压力降低了。
打个比方，本来你们班一个学期只有一个优秀名额，所以大家都在竞争，努力学习、参加活动还要搞好关系，内卷啊，然而无论如何，只能有1个人拿到优秀。然后忽然间说，你们班优秀名额是人人都有，一下子就变成了大家都可以拿优秀了。
选择压力放松可以让更多的变异都能够存留下来。
————这个俄罗斯女性发生了什么？————
其实到了这里，我们就可以解释文中出现的问题了。
首先，选择压力放松了。
基因变异是大概率随机的，所以这个女的体内的病毒也会随机变异。
而且，由于她本身罹患疾病，可能机体的免疫也较弱，这种情况下，其实就是符合选择压力放松的情况了。结果就是大家的变异都能留下来。
这一点可以解释她体内出现18个变异的缘故。
第1张图片 那么，为什么她体内会出现新闻里提到的英国出现的新型变异病毒、还有2种同丹麦水貂所携带的变异呢？
这就要说到另外一个概念：正选择。
正选择，通俗的理解就是这个变异可以让个体存活能力或者留下后代相对更容易的变异。
这个女的体内巧合的出现了 S:Y453F and Δ69-70HV变异，说明这俩变异是病毒的优势变异。
换句话，这俩变异可以让病毒更好的扩散和传播，因此在进化选择的时候更容易被固定下来。
第2张图片 除此以外，研究也发现该女性的病毒同义突变速率太高了，这也可能和她的化疗有一定关系。毕竟化疗也一定程度会增加变异。
之前nature genetics发表过一篇研究来探讨不同的癌症治疗引发的变异问题，其机制在于肿瘤治疗引发的基因组损伤，增加了其变异的概率（比如损伤修复错配之类的等等）
第3张图片



到此，我们基本上破解了这个问题了，那就是，这个俄罗斯女的体内独立出现18种变异，一方面是由于她本身体内选择压力较低，导致更多的变异可以被积累下来，而另一方面，由于某些变异本身具有进化上的优势，所以被固定下来了。当然，该女性本身的癌症治疗也是增加了新冠变异几率的重要因素。


其实，进化上的问题比这个多多了，就比如，基因的变异，并非千篇一律的，而是有的位点特别容易变异，在生物学上叫热点，比如下图中就可以看出并非所有位点平等啊
第4张图片

ref
Emergence of Y453F and Δ69-70HV mutations in a lymphoma patient with long-term COVID-19
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板凳
雪狼之嗥 发表于 2021-1-14 09:07:42 | 只看该作者
 
先修正下新闻中的错误处。
该女子（以下称患者S）身患淋巴癌，2020年3月27日入院接受化疗。
在2020年4月10日至4月16日之间，与一名老年妇女患者A住院期间进行了密切接触。
4月17日，患者S从医院出院。
4月30日，一名门诊医生对SARS-CoV-2进行的鼻咽拭子检查呈阳性。到那时，患者开始出现COVID-19症状（体温低）。但是测试后，该原始样品被直接丢弃，无法用于测序。
之后在5月14日，5月19日，6月9日和7月14日开始的重复拭子均为SARS-CoV-2阴性。尽管如此，患者S在5月25日至8月21日之间表现出严重的COVID-19症状。
她在8月3日，8月5日，8月8日，8月​​11日，8月13日，8月17日，8月20日，8月21日，8月26日， 8月27日，9月03日和9月9日都重复测试均为阳性。
最后，在2020年9月12日，11月10日和12月16日都测试阴性。
对其在4月10日到8月20日之间的样本研究发现，患者S体内的新冠病毒产生了18次的变异。也就是在132天内，变异次数达到了18次。（此处修正标题，并不是18种病毒）
为了研究患者S的情况，医生对患者A4月10日的样本进行了测序，发现患者S18次变异都不是来自患者A。
这个结论其实我以前回答中也谈过，免疫力较弱的人其体内新冠病毒变异的概率要远远超过免疫力正常的人。
新冠病毒把免疫力较弱的人的身体，当做了一个肆意增长的宿体。
患者S体内的变异病毒，和目前英国的变异病毒有很大的相似性，但也有其独特的特征。
患者S由于身患淋巴癌和化疗，其免疫力大幅降低，期间新冠病毒大幅变异，而从结果来看，患者S最终身体好转，于最新的测试中全部为阴性。
其实不必对病毒变异有太悲观的看法，目前为止主流疫苗都是有效的。
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地板
Minors 发表于 2021-1-14 09:08:40 | 只看该作者
 
讲个生物学笑话:体内的株型可以做个进化树分析了
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5#
aczchw 发表于 2021-1-14 09:09:31 | 只看该作者
 
重点不是18种病毒 而是这个病毒陪伴了这位女士几个月 说明啥？新冠感染成为慢性病的过程中还会有多种基因突变 太神奇了 然后她在这几个月里再感染多人 那些人体内也发生类似的事 结果会发生什么？疫苗只有一种 病毒是万紫千红 争相斗艳 想想就刺激 所以说疫苗无用 高突变的病毒还想用疫苗取胜？搞不好疫苗能帮助更好地适应人体 长期和我们永远在一起
若真有这么简单 上一次文明就不会冰冻南北极 也不会让远比我们更高级的文明死几十亿人口了 人类灭绝 病毒还在其他物种里发展
更值得担心的是 有些人感染了慢性新冠病毒 不自知 还广为传播 直到检测到某一样本后发现大量感染者
上一代地表神之人类几乎灭绝 幸存者要么去地下 要么去海底 隐居的也有 星际移民的有一些外 基本是嗝屁了 现在的人不过是那时的人造生物罢了 更弱的大脑 更短的寿命 更小的体型
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6#
风暴∨闪电 发表于 2021-1-14 09:09:58 | 只看该作者
 
新冠玛丽。也许这位女士的名字会成为医学术语，名垂医学史。
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7#
明日复明日98 发表于 2021-1-14 09:10:19 | 只看该作者
 
把第一个写标题的拉出去打死吧。。。
第一版还只是标题写十八种内文写18个突变点，到你这版内文都不写了？
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8#
hnjluv388 发表于 2021-1-14 09:10:43 | 只看该作者
 
女  大  十  八  变
就是说这个女的年纪大了，体内发现18种变异病毒
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9#
babymini 发表于 2021-1-14 09:11:09 | 只看该作者
 
有种看笑傲江湖里令狐冲内味儿了
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