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[闲聊] 香港首现 XBB.1 变种病毒，专家称具有更强的传染性和免疫 ...

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jieju81762 发表于 2022-10-13 22:01:51 | 只看该作者 打印 上一主题 下一主题
 
自9月中旬疫情有所回落后，近日香港确诊数字再次“横行”，并出现首宗XBB.1亚系变种病毒个案。
根据香港卫生防护中心数据，10月10日，香港新增4656宗新冠肺炎确诊个案。港大医学院数据显示，最新病毒繁殖率为1.0263，意味每名确诊者感染超过一人。
在当地的输入个案当中发现一例BA.2.75.2及一例XBB.1亚系个案，两宗均为无症状感染，暂未在社区发现变异毒株感染病例。其中XBB.1个案为香港首例，为一名50岁女子，9月25日从美国抵港；BA.2.75.2个案则为一名32岁女子，9月23日由新加坡抵港。
香港政府专家顾问、港中大呼吸系统科讲座教授许树昌表示，XBB.1亚系属Omicron分支，是从BA.2谱系繁衍出的变种，传染性高，但暂时数据不多。
XBB.1病毒目前已在新加坡、印度、德国和丹麦等地发现。近期新加坡掀起新一轮疫情高峰也与之有关。10月11日，新加坡新增病例1万1732例。而最近一次“破万”，已经将近三个月前，为7月26日的1万2419例。
新加坡卫生部长王乙康日前向媒体透露，目前每日新病例中，BA.2.10或XBB冠病毒株病例占半数以上。
目前，香港本地感染个案以BA.4或BA.5为主。近一周化验结果显示，本地Omicron BA.4或BA.5亚系个案占比约为93.9%，BA.2.12.1占比约为占1.6%。
不过，随着“0+3”的开放，当地感染变异病毒的几率也有所增加。
自9月26日以来，“0+3”实施已超过两个星期，香港人流增加初步见效。根据香港运输及物流局数据，10月1日-6日，经机场出境人次约4.8万人，较“0+3”前一周增加超过1万人，增长近30%。
香港行政长官李家超在10月11日的行政会议亦表示，10月平均每日出入境人数较9月上升25%至30%，单计入境人数则上升约三成，其中外国人来港人数增幅达到近八成。
随着外来人员的增加，本地新增病例也呈回升状态。自10月5日以来，香港新增病例已经连续6天突破4000例。

香港首现 XBB.1 变种病毒，专家称具有更强的传染性和免疫 ... 第1张图片

数据来源：香港卫生署 制图：界面新闻大湾区频道

对比此前病毒类型，香港新出现的变异毒株具有更强的传染性和免疫逃避能力。
10月4日，中科院生物物理所联合北京大学昌平实验室发布的研究表明，新出现的变种中， BA.2.75.2是目前为止测试的毒株中免疫逃避能力最强的，“它正在通过植入更多的免疫规避突变来争夺主导地位。”
而香港理工大学医疗科技及信息学系副教授萧杰恒10月12日表示，XBB.1是BA.2.10及BA.2.75两种病毒的新变种。
二代变种BA.2.75的免疫逃避能力更甚于BA.4和BA.5，而作为从BA.2谱系繁衍出的新变种，XBB.1亚系的传染性更胜一筹。
萧杰恒提及，有研究指出XBB.1的免疫逃逸能力暂时是变种病毒中最强，而在“0+3”后，市民外游后会将当地变种病毒带回香港，预计稍后将再出现新变种病毒，确诊数字预计亦会上升。
不过，对比第五波疫情高峰时期每日新增超过1万例，目前每日新增均在5000例以下，整体情况仍在可控范围内。
从重症病例来看，10月1日-10月9日维持在65例以下，也未见明显反弹。住院人数方面，截至10月6日为1669人，相较高峰期的3000人，当下状况仍较稳定。

香港首现 XBB.1 变种病毒，专家称具有更强的传染性和免疫 ... 第2张图片


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莺莺娇软 发表于 2022-10-13 22:02:08 | 只看该作者
 
大趋同时代，XBB只是其中结出的一个果子：
新冠江湖的故事已经完全从”雪中悍刀行”跨入到”剑来”时代
简单来说：
BA.2属于不入流的炼体境界
Cornelius老师拿BA.2作为计算趋同演化的基线
BA.5属于中五镜的洞府境界
BA.5相对于基线多出了刺突蛋白L452R、R493Q和F486V三个趋同演化相关的增益突变
像BF.7这种观海镜的病毒属于门派基石，增速30%
BF.7在BA.5的基础上又额外多出了刺突蛋白R346T这个趋同演化相关的增益突变
元婴境的病毒属于宗门中坚力量，增速70%
比如BQ.1就属于这一境界，在BA.5的基础上额外多出了刺突蛋白K444T和N460K两个趋同演化相关的增益突变
上五境的玉璞境病毒则为各大宗门的中流砥柱，增速110%
BQ.1.1是本境界的代表，在BQ.1的基础上额外多出了刺突蛋白R346T突变
一流宗门的标配仙人境病毒则增速达到290%
XBB独占一档
而顶尖战力飞升境的病毒，那就是纳垢的古国——印度
和纳垢的花园——新加坡所培育的病毒结晶
目前只出现了2例，也就是XBB加上额外的刺突蛋白K444R突变
至于更后面的十四境，十五境，暂时还未出现
总之，造型大概就是这样
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板凳
jiodl005 发表于 2022-10-13 22:02:24 | 只看该作者
 
又来......有专家发出严重警告，预计全球冬季将出现更多突变株。大家记得戴好口罩，注意防护。
香港在输入型病例中，发现首起感染变异毒株XBB.1的个案，XBB.1 最早在新加坡发现。这个新变体由 BA.2.10 以及 BA.2.75 两种毒株结合而成，正因如此，它被认为“可能是迄今为止最具免疫规避能力的”。
由北京大学谢晓亮、曹云龙团队在 Biorxiv 发布的[1]中发现，XBB 在新出现的变体中逃避抗体保护的能力最强。


第5张图片

研究显示，这些奥密克戎的新兴子变体中有很大一部分显示出比 BA.5 显着的增长优势，例如 BA.2.3.20、BA.2.75.2、CA.1、BR.2、BN.1、BM.1.1.1、 BU.1、BQ.1.1 和 XBB。 具有巨大增长优势的多种变体如此快速和同时出现是前所未有的。值得注意的是，尽管这些衍生子变体似乎在进化过程中出现分歧，但它们在受体结合结构域 (RBD) 上进行的突变集中在相同的位点，包括 R346、K444、V445、G446、N450、L452、N460、F486、 F490 和 R493。

在对这些变体的抗体逃避能力进行测试时发现，Evusheld 易受 F486、R346 和 K444-G446 突变的影响，被 BJ.1 (R346T)、XBB (R346T+V445P+F486S)、BA.2.75.2/CA.1/BM.1.1/BM 逃避或高度损害。而 Bebtelovimab 被 BJ.1、XBB、BR.1 和 BQ.1.1 逃逸。（Evusheld 与 Bebtelovimab 为两款新款治疗药物）

研究人员认为，这种趋同进化可能会导致大规模的免疫逃逸，导致现有的疫苗失效。

第6张图片

新冠病毒最新衍生子谱系突变位点 （来源：https://www.acrobiosystems.cn/A4936-.html）

奥密克戎毒株在短时间内能快速传播，隐匿性强，短期内动态反复检测，才能有效检出。戴口罩仍是一种非常有效的个人防护措施。秋冬季节，不仅是新冠肺炎，也是多种呼吸道传染病的高发季节，科学佩戴口罩可以有效降低传播风险，防止疫情扩散蔓延，减少交叉感染。此外，仍要做好其他个人防护措施哦。
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地板
qq1182 发表于 2022-10-13 22:03:10 | 只看该作者
 
XBB.1是BA.2.10及BA.2.75兩種病毒的新變種，目前XBB.1佔全球個案約1%，暫時難以判斷會否成為本港主流病毒株。在入境檢疫措施改為“0+3”後，市民外遊後會將當地變種病毒帶回香港，今年冬季是全球復常後首個冬天，所以出现新變種病毒可能性很大。
XBB.1變種病毒先在新加坡發現，在尼泊爾及曼加拉有較多個案。有研究指出XBB.1的免疫逃逸能力暫時是變種病毒中最強，不過很多免疫逃逸能力測試都是體外實驗，未必反映接種新冠疫苗後的實際情況。
今年九月以来新加坡的确诊病例快速增长，也将新冠XBB变异株推到台前。
作为背景，从今年9月初至今，新加坡的单日新增确诊数字陡然从一千多例大幅上升至一万多。作为全球重要商业中心，新加坡此前已经经历多轮病毒洗礼，不论是疫苗接种率还是感染获得的免疫效力均处于全球前列。作为参考，新加坡90%的人口已经完成全程疫苗接种，接近80%的人已经接种至少一剂加强针。
暴增的疫情背后，XBB变异株（以及XBB.1亚株）体现出强大的免疫逃逸潜力。出于对新变种的担忧，本周二新加坡政府也提前开始Moderna奥密克戎二价疫苗的接种。除了新加坡外，XBB变异株也在南亚的孟加拉国引发了疫情数据的上升。
美国斯克里普斯研究转化研究所所长、推特医学大V埃里克·托波尔发文称，新加坡的XBB疫情引发关注的一点是，XBB病毒以惊人的速度将BA.2.3.20变异株打得灰飞烟灭，
当地时间周二晚间，新加坡卫生部官网发文称，将引用《防范网络假信息和网络操纵法》对网络造谣者采取行动。新加坡卫生部表示，虽然XBB变异株引发感染数据上升，但并没有证据显示感染者的病情更重，尤其是那些已经完成疫苗接种的人群。
新加坡卫生部强调，住院病例数量上升与感染基数走高有关，但截至10月11日，新加坡的新冠患者中总共有11个ICU案例，另有50人需要吸氧，与德尔塔（171个ICU病例、308个吸氧病例）和奥密克戎（54个ICU病例、242个吸氧病例）疫情潮峰值仍有显著差距。（来源：新加坡卫生部）
当然，新加坡，香港现在都是差不多完全开放的状态，虽然接种率上来了。
但是疫苗的有效性值得验证。
同时，在全球所谓的放开后的第一个冬天，估计病毒会造成很大的医疗压力。
不过，香港已经准备0+0了，也做好了应对的措施。
病毒的传染力确实越来越强，不过会不会造成医疗挤兑，暂时不能一概而论。
所以，相信他们可以度过这次难关。

第9张图片
至于我们，应该更加理解，支持和配合各种措施。
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5#
馨香love 发表于 2022-10-13 22:03:23 | 只看该作者
 
这种题是 @拍照稀烂帮帮主 专场，蹲他就是了。不过老拍写文向来聒噪，有些线索乍眼串不起来。我给大伙捋捋，也略微拓展一些。
最近新冠科研界有了一些新的发现，就是说，很多病毒的突变位点越来越相像，显示出了“趋同演化”。举个例子，当年叱咤风云的Delta和Lambda变异株靠L452R和L452Q突变传播+致病双重增强，到Omicron时代这个位点突变却丢了，可不想，过了段时间L452R又出现在了BA.4/BA.5上，爆发新一轮疫情（就是最近这轮）。现在像L452R这样的优势位点少算有五六个，多算有十几个，Omicron突变株都纷纷带上了这些突变。更神奇的是就因为这种趋同演化，Omicron的演替逐渐在改变过去病毒突变株“一超多强”的局面，开始变得“百花齐放”“群雄纷争”起来，谁拿到的突变多谁能分到一席天地，好像都找到了竞争的窍门一样。

第11张图片

这张图很多人看过了，是Marc Johnson大佬推上发的，为了方便大家阅读还是放一下

正巧XBB和它亚系XBB.1是Omicron变异株下BJ.1+BM.1.1.1重组株，这个变异株开了一个新的赛道，搞起了“合作共赢”“优势互补”的路子。这一搞还出现了更离谱的效应——本来正常赛道的最强突变株是BQ.1.1等，照常配新突变攻城略地，XBB却直接甩开了Omicron内卷潮，免疫逃逸得连老前辈SARS-CoV-1（非典病毒）都不认识了。
XBB的免疫逃逸使过去王林发教授提议将Omicron称SARS-CoV-3的往事不再为孤例（2022.5）。免疫逃逸本质是血清型分化，而最早提出Omicron达到血清型分化的学者是Simon-Loriere教授（2022.2）。血清型则是测序技术未及时更传统的微生物分类方法，在临床上有一定实用价值。分子生物学技术提升后，确定病毒种属的依据更可靠了，也面临新的挑战。更准确地说，是血清分型和基因分型的区别，这两种区别既是矛盾的，也是互补的。

第12张图片

Simon-Loriere的文章

举个例子，肠道病毒里的A组柯萨奇病毒，存在二十多种血清型，其中16型引起手足口病，7/9型引起脑膜炎/脑炎（神经系统受累），2-6/8/10型引起疱疹性咽峡炎。病毒的不同血清型常有风格迥异的临床表现。这些血清型分类手段很古老，临床和流病管理却很管用。
在这条时间线上，拍帮主在公众号和知乎上最早提及血清分型的时间是2021.9。起因是当时流传一种“突变极限”（peak fitness）理论，大意是新冠病毒的突变存在一个极限，当它达到进化到“最佳”时，就无法再进化了，那时人体再构建出群体免疫，就能使新冠疫情结束。
拍帮主对此的驳斥也很简单，peak fitness理论本身更多是猜想性质的，用它推测疫情是把新冠想得太天真了，因为一旦血清型发生分化，以前从wildtype到alpha/beta/gamma到delta的免疫优势积累就全都报废了。提出peak fitness不止一个的理论于2013年就在science上发表。直观点说，peak fitness仅仅能得到进化的局部最优解，远远不能成为全局最优解。2021年末，omicron异军突起，带着近三十个S蛋白突变（其中十几个在RBD上，也就是跟ACE2受体结合的部分）骤然成为VOC，甚至以放之传染病史都睥睨群雄的基本传染指数（R0）≥9刷新确诊人数最高记录的2-3倍，可以说是拍帮主抢跑史上成名之战。

第13张图片

现管这个叫Multiple peak fitnesses

前些天林姐 @林优里 已经写过意大利2019年9月从类似麻疹（但排除麻疹）的患者样本（呼吸道、皮肤、尿液）已经检出新冠病毒，2019年10月的一份病毒测序结果甚至发现了D614G突变，而此前最早报道这种突变的时间却远在2020年1月（注：突变核苷酸位点也是一样的）。这是自2021年零星发现意大利/法国/西班牙疫情前样本中血清抗体和环境核酸新冠阳性以来提示大流行前波（pre-pandemic wave）存在的最直接证据。我们可以猜测在这波疫情中的“鼻祖版”病毒很可能以另一种血清型表现出这种奇葩的皮肤疾病，就像后来经过血清型分化后产生的“嗜肺组”Wildtype→Delta，以及“嗜神经组”Omicron BA.1→BA.5→???那样，现在还不清楚新的血清型（XBB）会发生什么样的组织嗜性变化。今年8月份已有Science文章指出病毒的动物来源并不单一，武汉最早的两大祖先型病毒（在Pango中分别为A和B）可能来自单独的两个传染事件（当然那篇文章下有eLetter批评其中一些模型构建的观点，也不难理解，毕竟预设武汉版就是起源株推出来的结果…），如果A和B确实晚于意大利版出现血清分化，为什么丢失了D614G这个当今病毒人人标配的突变？那么这会L452R在Delta消失后又再现于BA.5的故事恐怕早有历史了。
值得一提的是，这种误认为是麻疹却最后发现可能是新冠的历史并不孤独，上面所说的柯萨奇病毒，由于它不特异的表现，1948年首先在美国发现时也被误判为脊髓灰质炎病毒。直到后来柯萨奇病毒的临床“业务”也拓展到手足口病、心肌炎、脑膜炎、急性上呼吸道感染、结膜炎、胸痛等。

第14张图片

诡异的麻疹样疾病。当然，意大利起源说还是要有更多证据证实。

后来拍帮主又引了一篇George Marinov的文章，由于这种血清型分化很可能没有止境，SARS可能在未来成为一簇而非单一疾病，并以多重大流行的形式存在。彼时，2020年4月Science有文章利用SIERS模型预测新冠疫情走向已有此类说法，只不过后来的走势中还是低估了新冠的耐热和突破感染，虽然短暂的低流行时期仍然被世卫组织视为“终结大流行的好机会”，这机会并不容易抓住。

第15张图片

实际上低谷并不这么乐观

眼下XBB有更强的免疫逃逸是可以确认的，但能否再现BA.1/BA.2的大爆发尚存在疑问。不论是XBB还是常规赛道的群雄，要说比BA.5还占传播优势，会不会防不住？看看传说中比BA.1/BA.2占传播优势的BA.5，在世卫今天的周报里，也就表现得比Delta及其小弟强一点，大可不必急着谈“传播性越来越强了，防不住啦”。想当年…众人批拍帮主拿BA.5贩卖焦虑的时候，还是拿着某几个国家不起眼的BA.5小波来驳斥的，怎么到了讨论要不要坚持动态清零的时候，就把BA.5乃至以后的XBB妖魔化得“传染性那么强，肯定防不住”了。是，悲观点可以说，XBB也许可以让过去一切防控成为空架，乐观点也可以说，XBB没准就是BA.5那怂样，甚至更菜，菜到SARS-CoV-2这枚金招牌就要砸在它这杂z手上，保守点也让贤于群雄让Omicron王朝再苟一段时间。反之如果XBB真的能突破BA.1/BA.2的记录，麻疹老大哥都要视它后起之秀。

第16张图片

BA.5确实比alpha/delta传播强一些，跟中间一柱擎天的BA.1/BA.2相差甚远
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6#
icerose_0_0 发表于 2022-10-13 22:03:32 | 只看该作者
 
XBB.1为来自新加坡的突变毒株，已经在当地引发新一轮疫情

一，经过近三年的发展，新冠全球感染人数创出新高，随着病毒基因组的极大丰富，新毒株产生的速度越来越快

前几天刚分享过一次病毒加速进化的情况
福奇称美国今冬或出现「更危险的新冠病毒新变种」，此判断依据有哪些？当地疫情防控措施会有变化吗？文中提到：其中刺突蛋白（S蛋白）是病毒与人体细胞结合的关键，也是人类抗体结合病毒的关键。如果病毒的RBD结构域（氨基酸序号318-541）发生变化，则抗体的效果就会大幅下降。
不到一年时间，BA.2已经完成了5次进化，在RBD区域获得了多个有益突变，具备了更强的免疫突破能力。
其中XBB是BJ.1和BM1.1.1的重组毒株。
@拍照稀烂帮帮主一张图，说明了BA.2和BA.5分支的进化情况：

第23张图片

二、XBB.1为XBB毒株的后代

1.简介

根据pango team 的消息[1]，该毒株于2022年9月6日首次发现（与XBB相比，多了S:G252V这个突变），全球前8个病例均为新加坡发现。
整理到上图。

第24张图片
2022年10月3日，在新加坡、孟加拉国、丹麦、英国、比利时、澳大利亚、奥地利共发现85个序列。

2.新病毒必然具备较强的免疫突破能力

目前XBB.1毒株还在发展的早期阶段，统计数据尚未出来（能出来的时候估计已经接近淘汰了），所以目前还缺乏传染性，致病性的相关数据。
可以得到一些结论：
境外新冠病毒的主要选择压为抗体，所以能在多种毒株的内卷中胜出的毒株必然具备很强的免疫突破能力。
免疫突破能力意味着，既有疫苗和感染产生的抗体效力下降和单抗药物失效。

下面阐释下选择压是如何作用的。

3.病毒通过突变和自然选择不断进化

突变
病毒的突变(Mutation)是指基因组中核酸碱基的化学变化。在一次感染中，一个病毒粒子要增殖上百万次，增殖过程中复制发生异常就会造成突变，可以是一个核苷酸的改变，也可为上百上千个核苷酸的缺失或易位。
突变是概率事件。新冠属于RNA病毒，RNA病毒不稳定，病毒复制中的自然突变率 0.0001～ 0.000001。

第25张图片
基因决定性状，大部分突变让病毒失活，少量突变会让病毒活下来并具备新特性。
新特性有的可以帮助病毒取得传播优势，有的会带来劣势。

选择压
选择压是进化生态学中的概念，指外界环境施加给物种演化方向的压力，不同的外在的压力导致物种向不同方向演化。[2]
假如：一个基因的选择压为0.001，那么一个频率为0.001%的显性基因只要16100个世代就可增加到99%的频率。

第26张图片
计算原文档：选择压推算.xlsx - 坚果云

筛选效果
在人群普遍具有抗体（例如BA.1、BA.2、BA.4、BA.5）的前提下，已感染人群短期内达到免疫效果，原有的老毒株传播效率会不断下降（碰到有抗体的人传播链就会中断）。
这时如果有一种毒株可以无视既往感染产生的抗体，则该毒株可以获得明显竞争优势（传播链被抗体打断的概率低很多），逐渐成为主流毒株。

三、XBB和XBB.1已经在新加坡引发新一轮疫情


第27张图片
需要吸氧人数在上升[3]，意味着医疗系统将逐渐承受压力。

第28张图片
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