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[闲聊] 深圳首次发现奥密克戎 BF.15 变异株，它有哪些特点？我们 ...

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20431 5
Pandoracardi 发表于 2022-9-1 23:44:53 | 只看该作者 打印 上一主题 下一主题
 
深圳市卫生健康委员会29日的新闻发布会称，8月23日以来，深圳大多数阳性个案感染的毒株为奥密克戎BF.15变异株(BA.5.2.1的子分支)，为深圳首次发现，另外部分个案感染毒株为BA.5.2、BA.5.2.1和BA.2.2变异株。
　　深圳卫健委称，上述个案感染毒株与境外报告的部分毒株序列高度同源，不排除个案由境外输入引发本地感染的可能。
　　据通报，8月28日0时至24时，深圳新增11例阳性病例。其中，8例在隔离密接人员中发现，1例在重点人员筛查中发现，2例在社区筛查中发现。上述阳性病例中，9例为新冠肺炎确诊病例，2例为新冠病毒无症状感染者。
　　8月29日0时至12时，深圳新增9例阳性病例。其中，3例在隔离密接人员中发现，2例在重点人员筛查中发现，4例在社区筛查中发现。这其中，6例为新冠肺炎确诊病例，3例为新冠病毒无症状感染者。
　　深圳根据奥密克戎病毒BA.5进化分支的特点，已组织该市疾控中心相关专家撰写防控要点，对流调溯源、实验室检测与管理等重点环节提出了更为严格的防控要求。
　　此外，深圳加强跨境货车司机全流程监管，继续开展跨境运输和冻品排查专项行动，严厉打击跨境货车司机违规夹带和抛掷行为，依法查封来源不明、途径不清的冻品、物品。


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标签：新闻发布会8月23日新闻发布卫生健康奥密克戎
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精彩评论5

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沙发
周塘人 发表于 2022-9-1 23:45:33 | 只看该作者
 
这传播系数
能不担忧吗
除非回归乙类管理

第1张图片
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板凳
韵寒 发表于 2022-9-1 23:46:22 | 只看该作者
 
最新！深圳部分区“全域管控”系严重误读！“华星舞蹈艺术中心”累计报告病例44例，未发现存在色情交易

每经编辑 李泽东
9月1日，深圳卫视消息，当天深圳部分区新型冠状病毒肺炎疫情防控指挥部发布了通告，严控疫情传播风险，尽快实现社会面动态清零，更好保障居民群众健康安全。
但是有人将某区的通告“全域实行如下管控措施”理解为“全域停止一切非必要流动、活动”，甚至传言全城静默管理，此系严重误读。请各位市民按照通告发布的有关防疫政策，安心工作和生活。

第3张图片

图片来源：摄图网-401676970

累计报告44例！近期到过华星舞蹈艺术中心请立即报备

据深圳特区报，9月1日，深圳市举行疫情防控新闻发布会。深圳市卫生健康委二级巡视员、市疫情防控指挥部办公室新闻发言人林汉城表示，深圳快速处置“华星舞蹈艺术中心”群组疫情，截至9月1日12时，华星舞蹈艺术中心群组已累计报告病例44例，个别未曾到访过华星舞蹈艺术中心的密切接触者也报告了阳性个案。
林汉城介绍，福田区已依法对华星舞蹈艺术中心进行立案调查，将依法依规严肃查处。目前，全市正在全力以赴、争分夺秒，全力开展流调溯源、排查判密、隔离管控等处置工作，采取快速灵活、精准有效的措施，管控风险、滚动排查，以最快速度阻断疫情传播链条。
“在这里，我们也提醒广大市民，为尽可能减少对居民朋友健康和生活的影响，请近期到访过华星舞蹈艺术中心的市民，立即主动向所在区的疾控中心申报，疾控专业人员将根据报备情况及时进行甄别并提出具体防控措施。”林汉城说。

第4张图片
辖区民警：未发现华星舞蹈艺术中心存在色情交易情况

据了解，近日，深圳福田区华星舞蹈艺术中心发生聚集性疫情，导致疫情爆发式扩散传播。目前，华星舞蹈艺术中心已被立案调查。
华星舞蹈艺术中心为何会发生聚集性疫情？这里到底是什么样的场所？据深圳卫视深视新闻报道，今天（9月1日）上午，记者实地探访了华星舞蹈艺术中心。
根据福田区8月31日发布的通告，经流调溯源发现，深圳多个阳性个案曾到访华星舞蹈艺术中心。目前，华星舞蹈艺术中心所在的东园大厦已被临时封控。

第5张图片

图片来源：深圳卫视深视新闻

在东园大厦附近，记者现场看到大厦入口拉起了警戒线，门口有防疫工作人员值守，位于大厦一楼的商铺已经暂停营业，门上还贴了封条。
从大厦外部抬头向上看，顶部有一个写着“舞”字的红色招牌。从外观来看，位于4楼的华星舞蹈艺术中心北侧临街，没有对外通风窗户，而南侧面向小区，有一排对外通风窗，还有一个户外大平台。
据周边住户介绍，这个舞蹈中心内部结构并不复杂，由原来的酒吧拆掉包厢改装而成，除了几根支撑的承重柱子外，舞池场地比较开阔。
另据在附近站点上班的快递员讲述，中午和下午时段，前来舞厅跳舞的人比较多，大部分都是中老年人群，跳舞时会身着舞蹈服。

第6张图片

图片来源：深圳卫视深视新闻

据了解，华星舞蹈艺术中心2002年成立，主要为成年人提供交谊舞、国标舞等培训和跳舞场所，至今已经营20年，以怀旧风一度成为网红打卡地。
该舞蹈中心去年从华强北附近搬至东园大厦，每天共举办两场活动，包括下午和晚上各一场，晚上的活动十点左右散场。负责该辖区的民警告诉记者，未发现华星舞蹈艺术中心存在色情交易情况。如有线索，将依法调查。
此外，记者从相关部门获悉，针对近日网上流传的涉“深圳华星舞蹈艺术中心”跳舞视频等，经核实，视频中的装修、背景、灯光与实地不符。目前，华星舞蹈艺术中心已因涉疫问题被立案调查。

第7张图片

图片来源：深圳卫视深视新闻

每日经济新闻综合深圳发布、深圳卫视、深圳特区报
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地板
Hyun静悄悄 发表于 2022-9-1 23:46:27 | 只看该作者
 
上有魔都，下有核都。
今天是在核都做的第197次“免费”核酸［手动感谢政府…］

第13张图片
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5#
无毒不爷们 发表于 2022-9-1 23:46:58 | 只看该作者
 
谢邀。
这个所谓的BF.15，很可能只是乌龙而已。
这货其实就是普通款的BA.5.2.1。
下面详细八卦。
BF.15这个说法的源头，应该是深圳三院的卢老师。
——请品鉴：

第15张图片
从进化关系上看，BF.15毒株属于BA.5.2.1的子分支，与香港卫生署今年7月份上传的一株病毒序列高度同源。
要讲清楚这个问题，我们需要先知道Pango委员会给某些变异株赋予专属名称的逻辑是啥。
一种变异株之所以有资格拥有姓名，其实是因为大家出于方便，
而给变异过程中值得特别留意的某些分支取一个约定俗成的称呼。
所以从系统发生树的角度来看，所谓的变异株，归根结底就是一些需要留意的分支。

而我们知道，演化树发生分叉的原因，是病毒发生了突变~
因此定义某款变异株（即某个分支），最关键的因素，
就是子分支相对于上一层分支的“特征定义突变”（lineage defining mutation）。
然后上面咱已经提到了一嘴，
BF.15的特征定义突变，是刺突蛋白Y248H。
（或者如果更严谨一点的话，可以再加上上一层未命名毒株继承下来的ORF6:P57L，T6979G和C26625T）。

然而，靠着特征定义突变来定义变异株，
是一种更适合人肉撸树的笨办法，
面对现如今五百万条序列的庞大无比的新冠系统发生树，
靠着人肉去撸，那可真是要地老天荒了……
所以，针对这个情况，大佬们搞出来一些自动化的比对分类工具，
大致来说有四种~
——请品鉴：

第16张图片
各位不需要了解上述四种自动分类工具到底是啥，
但既然它们是自动工具，那么各位可能已经猜到了——
它们都会犯傻……


而卢老师所谓香港卫生署7月份上传的序列，
就大概率是上述某个分类工具犯傻的结果……

用人话来解释：
由于BF.15四天前才刚刚确认命名（后面详八），
所以上述四种工具当中的两种（GISAID和pangoLEARN）还没来得及更新，压根儿就识别不出来BF.15。

所以退而求其次，咱用Nextclade搜了一圈儿，
搜出了一共19条来自香港的所谓“BF.15”序列~
——请品鉴：

第17张图片

其中大概有10条左右满足卢老师所说“7月份由香港卫生署上传”的条件

接下来，咱靠着这19条“BF.15”序列撸了撸树……
结果……
——请品鉴：

第18张图片
↑ 解释一嘴：

  • 上图每一个小圆点代表一条测序记录；不同的颜色代表不同的毒株；
  • 其中蓝色=BA.5.2.1；
  • 绿色=BF.20（即BA.5.2.1.20），这货与本文无关，就不提了；
  • 黄绿色=BF.15；
  • 橙色=被Nextclade判定为香港BF.15的19条序列。

所以，一图秒懂了啊各位~
这19个黄色小圆点，根本就没有位于黄绿色的分支里面……
或者换句话说：
这19个所谓的BF.15，压根儿就不是BF.15。

换个角度，再来一次。
上面提到的四种分类工具，还有Usher没用，
这次咱就改用Usher。

长话短说，咱用Usher撸出了包含截止2022年8月31日为止所有BF.15序列的树~
——请品鉴：

第19张图片
↑ 继续解释一嘴：

  • 上图每一个小圆点代表一条测序记录；
  • 不同的颜色代表不同的检出国家/地区。
……
……
所以说好的香港呢？香港在哪里？


最后，除了四种自动比对工具之外，
上面咱还提到一嘴，咱们还可以靠着特征定义突变来人肉检索……

——检索结果，请品鉴：

第20张图片

第21张图片
不管用cov-spectrum还是用GISAID，都找不到匹配结果。

所以咯，情况就是这么个情况。
深圳这些个所谓的"BF.15"，如果真的如卢老师所说，“与香港卫生署今年7月份上传的一株病毒序列高度同源”的话呢，
那这些就根本不是BF.15，而只是一些普通的BA.5.2.1而已。

这个乌龙的起源，大概可能也许只是Nextclade不小心犯傻了……
各位请稍安勿躁……
来都来了，下面顺便八卦一嘴关于BF.15的冷知识和热知识。
断截说：

  • BF.15最早于2022年6月16日和19日分别在美国密歇根州和路易斯安那州检出，并在6月下旬几乎同时在英国、以色列、土澳冒头；
  • BF.15于2022年7月31日提交到Pango委员会，于4天前（2022年8月28日）刚刚确认命名，新鲜出炉了可以说是……
  • 根据日本入境检疫截获的7例BF.15病例，大佬们成功确认这货的起源地是斯里兰卡（日本人又立功了）；
  • 顺便一提，现在日本一共上传了9条BF.15序列，其中7条来自斯里兰卡输入病例，两条来自本土病例，分别位于千叶和长野……目测已经发生扩散了；
  • 总之，截止昨天，市面上一共190条BF.15测序记录，虽然绝对数量偏少，但早已遍布全球；
  • 撸树的结果显示，这遍布全球的BF.15，来源几乎全是斯里兰卡。所以大佬们推测斯里兰卡从6月份开始可能发生了BF.15爆发，并大量制造输出病例——然而，由于某个众所周知的原因，斯里兰卡最近到底有没有发生爆发？谁也没法实锤……
  • 虽然从命名规则上来说，BF.15的父毒株是BA.5.2.1（Pango代码“BF”指代的就是"BA.5.2.1"），但是其实两者之间还夹着一个没能取得命名的分支，且这个未命名分支的绝对数量挺不少（未命名的原因很无奈，这个分支起源于肯尼亚，而肯尼亚基本不搞测序……）；
  • BF.15的特征定义突变是刺突蛋白Y248H，而它上一代的未命名分支还额外有三个定义突变（ORF6:P57L，T6979G以及C26625T）。
  • BF.15基本代表了整个BA.5家族当前最快的相对增长率——当然了，这也和斯里兰卡正在到处制造输出病例有关——输出/输入病例不参与社区传播必不可少的残酷内卷，所以不一定代表毒株真实实力。
——总之，请品鉴：

第22张图片
↑ 截止昨天晚上8点的相对增长优势排行榜（背景板是原始版BA.5），其中：

  • BF.15排全榜第8；
  • 如果除开那些妖孽的BA.2.75们，则BF.15能排到BA.5大家族的第3~
  • 顺便一提，之前被CDC列为重点监控对象的BA.4.6，已经被挤到第20位了……这内卷程度，竟恐怖如斯！
最后是各位喜闻乐见的贩卖焦虑环节。
如果，假设，万一，深圳这些BF.15，居然真的是正宗版BF.15,
那就说明这些玩意儿的源头，
可能并不是卢老师所说的香港。
现如今全世界可能性最高的BF.15输入源，显然是斯里兰卡，没有之一。
而且，刚好，最近斯里兰卡和国内之间，出现了这么一条可能涉及到输入输出关系的测序记录。

——请自行解读：

第23张图片
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6#
清明节上树 发表于 2022-9-1 23:47:05 | 只看该作者
 
经济学家谈医学，医学者谈经济。
普通人没必要参与讨论，我只想说如果明年也是跟今年一样主题都是围着疫情转，我是顶不住了，唉，倒闭的公司和失业的人太多了。

第33张图片
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