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[闲聊] 产品升级|揭开病毒数据库V2.0的神秘面纱！

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konshon 发表于 2022-5-17 03:51:46 | 只看该作者 打印 上一主题 下一主题
 
美格基因宏病毒组产品及服务自2019年3月上线以来，凭借其病毒富集和鉴定准确两大优势受到来自全国各地研究学者的广泛关注。而保证病毒鉴定准确性的核心之一是病毒数据库的质量，美格基因对此潜心研究，整合了主流的公共病毒数据库和最新发表的病毒数据库文章，凝练出美格基因病毒数据库V2.0！
优势1：信息收录全面
美格基因对目前公共开源的病毒数据库和经典的病毒相关文章进行了全面的调研，遴选了如下数据库的病毒信息整合得到美格基因病毒数据库V2.0：

  • NCBI Viral Genomes
  • 公共开源病毒数据库
  • GVD（Cell Host & Microbe）
  • 人肠道噬菌体库
  • GPD (cell)
  • 人肠道噬菌体库
  • MGV（Nature Microbiology）
  • 人肠道病毒数据库
  • CheckV（viral genomes database）
  • 病毒鉴定软件自带数据库
优势2：收录数量庞大
美格基因设定严格筛选标准对上述数据库中的高完整度病毒序列进行去冗余，最终保留了83238个高质量病毒序列，与V1.0版本相比，病毒收录数量增加60%，为宏病毒组的病毒鉴定分析提供了有效保证，目前数据库病毒信息来源情况如下：

产品升级|揭开病毒数据库V2.0的神秘面纱！ 第1张图片

*NCBI Viral Genomes：收录2019.06.01~2022.02.08新增的病毒序列

对病毒数据库V2.0所收录的病毒序列进行注释分类，可分级到种水平的病毒序列比例接近20%，情况如下：

产品升级|揭开病毒数据库V2.0的神秘面纱！ 第2张图片
优势3：高质量病毒序列
美格基因病毒数据库V2.0所收录的病毒序列均对其完整度和长度有严格要求，共有60282个完整的病毒基因组，占据收录总数的72.4%，而整个数据库的病毒序列的N50也达到了51951bp，具体情况如下：

产品升级|揭开病毒数据库V2.0的神秘面纱！ 第3张图片

产品升级|揭开病毒数据库V2.0的神秘面纱！ 第4张图片

病毒测试结果

为了测试病毒数据库V2.0的性能，选取了土壤、深海沉积物、海水和人类粪便样本数据分别使用V1.0和V2.0版本的病毒数据库进行病毒鉴定。从下面结果知，病毒鉴定的数量有显著提升。同时由于病毒数据库V2.0的病毒序列完整度和长度的提高，测试样本中部分病毒的注释水平有明显提升。

产品升级|揭开病毒数据库V2.0的神秘面纱！ 第5张图片

注释精度提升数量*：基于病毒数据库V2.0得到的病毒注释水平有所提升的数量，如从属水平提升到种水平

病毒数据库V2.0已经纳入了DNA宏病毒组V5.0的标准分析流程中，各位对病毒研究感兴趣的用户可关注美格基因公众号，获取最新动态哦。

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标签：2019年3月全国各地准确性数据库宏病毒
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