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[问答] 全北美植物标本馆初探

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zlxsl777 发表于 2021-11-28 08:22:43 | 只看该作者 打印 上一主题 下一主题
 
唔其实跑上来是看看有没有一起参加今年七月底深圳第十九届国际植物学大会(International Botanical Congress, IBC)的同学的。毕竟是六年一次的盛会,也是唯一有权对《国际藻类、真菌、植物命名法规》作出修改的场合。我会在专题研讨会主题II:分类学、系统发育与进化下的第一个议题:食虫植物的进化、生态和生理学中做一个口头报告(T2-01-10),是关于一个单子叶食虫植物新类群的发现和其基因组进化。
以前在北美开会都只能跟一帮老外玩。。。这次终于可以见到很多国内的同学了,大家约起来!
嘛还是扔一堆干货再走人吧。
去年夏天做完酶活性检测和显微结构造像,新鲜植物就差不多死光了ORZ。当然冬天和今年春天也没闲着,由于该类群不同种和居群间存在不同程度的叶绿体基因丢失情况,所以我打算做一个大规模的居群研究。这种规模的居群研究,本来是需要花掉一个博士好几年的时间在外面采样的。但正好该属四个种有三个种都分布在北美,而北美又有着世界上最发达的标本馆系统。我寻思着可以把标本馆资源利用起来,直接从标本上提取DNA,做分子系统学研究,并反过来对该类群的形态分类作检讨。这样也正好省下野外采样的时间,今年夏天可以上山去做更有意思的同位素标记,RT-PCR检测基因表达情况,Western blot检测蛋白质表达情况。我问导师这样吼不吼啊,导师当然说吼啊!导师在一旁给你打气哟!导师给你造势哦!至于具体怎么做。。。最终还是得我自己来忙活。
首先要搞定分布在日本的一个种。联系之前发表过该科系统学研究的京都大学教授,和曾经跟我们实验室合作过的,日本国立科学博物馆筑波实验植物园的研究员,双方都欣然同意提供样品。另外要吐槽一下日本的植物园和标本馆系统,基本只有电话没有邮箱(让我直接打电话说日语?),偶尔碰到留有邮箱的几个机构发过去也石沉大海(英语苦手?)。所以要搞定日本的样基本还是得托认识的人。
然后就是向遍布在全北美的几十个标本馆发标本租借函了。标本馆之间都可以互相租借标本,租期一般为一年,可以申请延长。但租借函需要以正规学校或者研究机构的名义发出,发函者最好也是标本馆,我就以我们学校标本馆的名头发函了。由于我需要对标本进行DNA采样(其实就是从标本上揪一片叶子下来),所以还要专门申请Destructive sampling的许可。

北美标本馆也有着最完备的标本馆数字系统,直接可以在网上查询自己需要的标本状况,实在是为研究者省去了不少的时间和麻烦。我坐在电脑面前花一周时间在数字标本系统里面仔细查找,从阿拉斯加到佛罗里达,加州到魁北克,找我需要类群的标本,然后整理出标本编号,为每一个标本馆填写好标本租借函,然后就向着全北美三十多个标本馆发出去了。搞定的那一刻特别爽,有一种自己在帐中诏令天下诸侯的快感。
然后就是忐忑的等待过程,不同标本馆的回应速度不一,但最终大部分标本馆都同意了我的标本租借和DNA采样申请。我还记得第一批标本是在大年初一送到的,当时觉得这真是我收到过的最棒的春节礼物了。
最后一批标本在这周到达我手头了,一共有来自三十多个标本馆的两本多份标本。而这一宏大的标本调查工作,简直就是沿着地图在全北美旅行。完成之后的意外收获,就是我现在已经对整个北美的地理了若指掌了,全美五十个州的相对位置也了然于心,同时正好也对全北美的标本馆系统有了一个初步的认识,在这里总结分享一下心得。

全北美植物标本馆初探 第1张图片
全美标本馆分为以上几个区域系统,但其实加拿大的标本馆也会加入临近的美国标本馆区域系统。西海岸英属哥伦比亚(BC)和育空(YT)省的标本可以再西北太平洋标本馆系统查询到,东海岸安大略(ON),魁北克(QC),纽芬兰和拉布拉多(NL),新伯伦瑞克(NB),新斯科舍(NS)省的标本可以在东北标本馆系统查询到。
加拿大标本馆也有自己的电子查询系统Canadensys: Canadensys。可以在这里查询上面标本馆系统没有涵盖的地区。
下面按地区分别介绍一下我接触过的标本馆,同时提供一些有意思的标本馆戳。
西北太平洋区域:
Consortium of Pacific Northwest Herbaria
可以查询到阿拉斯加,育空,英属哥伦比亚,华盛顿,爱达荷,蒙大拿,俄勒冈各州的标本。
因为该区域负责人是华盛顿大学一个非常厉害的码农植物学家。。。所以西北太平洋区域的数字查询系统也是全北美建设得最好的,网站做得高大上得不行!可以直接将标本定位显示到地图上,方便查询标本位置,也提供各种花样繁多的检索方式。看完他们的检索界面,再打开其它区域的检索网站,屌丝气息扑面而来。

阿拉斯加大学北方博物馆(University of Alaska Museum of the North,ALA)
阿拉斯加大学北方博物馆有整个阿拉斯加地区最大的标本馆,且目前采样活跃度仍然很高,有很多人迹罕至地区的标本,非常珍贵。尤其是有大量阿留申群岛和亚历山大群岛的新鲜标本,对于研究极地岛屿生物演化和生态是不可多得的材料。

但租借标本需要填写他们提供的申请表。

Bennett标本馆 (B. A. Bennett Herbarium, Yukon Government,BABY)
藏品数虽然不算非常多,但是育空地区最大的标本馆。该标本馆凭极地标本采集狂热爱好者B.A. Bennett一己之力建成,实在是令人敬佩。Bennett现在仍常年在北美北部人迹罕至的极地地区采集标本,并有一种他发现的植物以他的名字命名:Draba bruce-bennettii。他本人有着非常严重的收集癖,收集啤酒瓶,邮票,硬币,书籍,为收集而收集。当我触摸到他采集的标本的时候,就好像跟着他到了那些荒无人烟的极北之地,那里有冰川,北极熊和一望无际的苔原。而我在用他采集到的标本取得成果时,也在为他诠释着,一种狂热的爱好,是可以造福科学和全人类的。

不列颠哥伦比亚大学标本馆(University of British Columbia, UBC)
不列颠哥伦比亚地区最大,也是全加拿大安大略以西最大的标本馆。重要地理分布包括夏洛特皇后群岛和温哥华岛。有全世界数量首屈一指的苔藓藏品,大部分是凭前几年刚去世的苔藓学泰斗Wilf Schofield 一己之力采集完成的,包括阿留申群岛上的珍稀苔藓藏品。

华盛顿大学标本馆(University of Washington, WTU)
华盛顿州最大的标本馆,也是整个西北太平洋片区的主要负责机构。

俄勒冈州立大学标本馆(Oregon State University,OSC)
俄勒冈州最大的标本馆,俄勒冈州立大学也是植物学和真菌学重镇,有专门的真菌标本馆,收藏了一批珍贵的真菌标本。
爱达荷大学Stillinger标本馆(University of Idaho, Stillinger Herbarium, ID)
爱达荷州最大的标本馆。
蒙大拿大学标本馆 (University of Montana,MONTU)

蒙大拿州最大的标本馆。
阿尔伯塔大学标本馆(ALTA)
阿尔伯塔省最大的标本馆,目前也非常活跃,寄过来的标本都是绿油油的,好像刚从地里挖回来。
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加州
加州有自己的标本馆组织和查询系统,负责机构是UC Berkeley Jepson 标本馆:
Consortium of California Herbaria: Search Page

UC Berkeley Jepson 标本馆 (JEPS)

UC系统最大的标本馆,寄过来的标本统一放在崭新的米黄色纸质标本盒中,气质高贵,是我收到的标本中装潢最好的。收藏有全加州的标本,但以中部居多。

全北美植物标本馆初探 第2张图片
加州州立大学Chico标本馆(CHSC)
有一批加州东北部的近期藏品。

全北美植物标本馆初探 第3张图片
洪堡州立大学标本馆(HSC)
有一批加州西北部,特别是与俄勒冈州接壤山区的近期藏品。
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东北部区域
Northeastern Herbaria

蒙特利尔大学标本馆(MT)
加拿大东部最大的标本馆,也是加拿大大学里面最大的标本馆。本来以为多伦多大学的标本馆应该很大,但其实意外的小。所以安大略省,纽芬兰和拉布拉多省的标本也是从蒙特利尔大学标本馆要的。重要地理分布是加拿大最东端的纽芬兰岛。唯一的麻烦就是很多标本的描述都是法语,看不大懂。

全北美植物标本馆初探 第4张图片
阿卡迪亚大学E. C. Smith标本馆(ACAD)
重要地理分布是加拿大东南部的新斯科舍岛。
美国东北部都是小州,哈佛大学和纽约植物园标本馆最大,然后其它各州大学也有标本馆,但都不大而且近期都不活跃。我只向康涅狄格大学标本馆(CONN)发了函,但采样要求遭到了拒绝。这也是唯一一所直接拒绝我的标本馆,可恶啊!默默地画圈圈诅咒他们。
卡内基自然历史博物馆(Carnegie Museum of Natural History, CM)
很神奇的标本馆,在宾州匹兹堡,但其藏品却涵盖全美国甚至全球,几乎每个物种都要藏那么一件标本,美国各州居群都要藏那么一份标本。不专精,但以涵盖范围和藏品的多样性取胜。有很多意想不到的重要地理分布和物种的藏品。如果北美其它标本馆找不到,可以到这里来找找,简直是标本馆界的大都会博物馆。
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美国其它各区域标本馆查询系统都是共享的,所以可以直接在西南部标本馆系统查询任何除加州和东北部以外的标本馆藏品:

SERNEC Home

怀俄明大学落基山标本馆(Rocky MountAIn Herbarium, RM)
一个字,壕!我接触到的最壕最活跃的标本馆。标本又多又新,目前仍一直活跃在落基山脉怀俄明、蒙大拿和爱达荷州进行采样。不仅二话不说把我要的标本寄过来了,还直接送了我们标本馆十份去年刚采回来的标本当礼物,简直壕无人性!要给他们一个大大的赞。
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湖区
湖区的大学都是老牌进化生态生物学和植物学重镇,每所大学的标本馆都很靠谱。

全北美植物标本馆初探 第5张图片

威斯康辛大学标本馆(WIS)
老牌标本馆了,很豪爽地把所有该类群的藏品都寄过来了。特别喜欢他们家的吉祥物美洲獾,气鼓气涨的,有个性。

全北美植物标本馆初探 第6张图片
密歇根大学标本馆(MICH)
也是老牌标本馆,很豪爽地把所有该类群的藏品都寄过来了。甚至还寄来几份明尼苏达州和俄亥俄州的标本,我在电子系统中搜了个遍都没找到,意外的惊喜。
印第安纳大学标本馆(IND)目前在进行标本整理和数字化,不对外租借标本。但他们很nice地帮我把叶子揪下来寄给我了。
莫顿树木园(Morton Arboretum, MOR)
其实比伊利诺伊州其它大学的标本馆都要大。有一批伊利诺伊州和印第安纳州的珍稀标本,这两个州的居群我就是靠他们搞定的。
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东南部

全北美植物标本馆初探 第7张图片
路易斯安那州立大学标本馆(LSU)
路易斯安那州最大的标本馆。
田纳西大学标本馆(TENN)
田纳西州最大的标本馆,但数字化工作做得不好,电子系统查不到标本年份,我索性就整个类群一锅端了。
密西西比自然科学博物馆(Mississippi Museum of Natural Science, MMNS)
密西西比州最大的标本馆。


全北美植物标本馆初探 第8张图片
南卡罗莱纳大学标本馆(USCH)
接触过的最nice的标本馆,不仅我租借函内提到的标本,把整个属的标本一股脑儿都寄来了,厚厚一大箱,还问我要不要整个科的标本,感动得热泪盈眶。

北卡罗莱纳大学植物园标本馆(UNC)
北卡教堂山是植物学重镇,标本馆也是老牌的,标本数量多,有一批阿巴拉契亚山脉的重要藏品,但都有些年岁了,近期不活跃。北卡寄过来的标本在海关卡了几个月,他们又没有寄可追踪的邮件(太抠门了。。。),当时就把他们吓尿了,以为标本寄丢了。所幸前几周终于寄到了,他们才松了一口气,以后再也不敢寄普通邮件了。
北卡州立大学标本馆(NCSC)
虽然数量和地理分布比不上北卡大学,但贵在新,这对于提取DNA至关重要。
佐治亚大学标本馆(GA)
佐治亚大学也是植物学重镇,有老牌标本馆。但一直没有回应我的租借函。所幸已经拿到佐治亚州的居群,也就罢了。
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于是短短三个月内我就已经拿到了80个居群的DNA数据,这样规模的居群研究光是采样可能就要耗掉一个博士三四年的时间。不得不说一个强大的标本馆系统,可以为科研工作者省下大量的时间和精力。而一个完善的数字标本系统,则可以为科研工作者提供很大的便利。明明已经有前辈植物学家采集积累下来的大量标本资源,我们就不需要再进行重复体力劳动了。最大化将资源利用起来,才能取得事半功倍的效果。
如果国内的标本馆系统也能够得到足够的重视,建设完善起来,数字化搞起来,而不是逐渐荒废掉,也可以为大家提供不少的方便吧。
最后,我会带着热腾腾的数据,希望能跟大家今年夏天见啰~


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精彩评论20

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沙发
penglangshuma 发表于 2021-11-28 08:22:58 | 只看该作者
 
看得我好激动!!!
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板凳
诸仙恋 发表于 2021-11-28 08:23:33 | 只看该作者
 
就是一种……人类这个物种的共同社会在科研事业上的积极与浪漫!!啊啊啊还有你点评的有几个标本馆实在太有爱了……!
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地板
老头也玩火 发表于 2021-11-28 08:23:40 | 只看该作者
 
确实干货👍🏻
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5#
珀的光芒 发表于 2021-11-28 08:24:18 | 只看该作者
 
真赞 需要日语交流我可以帮忙哦
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6#
ancyancy 发表于 2021-11-28 08:24:31 | 只看该作者
 
ibc +1 才发现我的口头报告被接受了
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7#
我和1989 发表于 2021-11-28 08:25:23 | 只看该作者
 
大神,一直很膜拜你。
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8#
zuosai11 发表于 2021-11-28 08:25:57 | 只看该作者
 
啊期待paper
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9#
水睛天 发表于 2021-11-28 08:26:30 | 只看该作者
 
为什么激动啊啊!
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10#
0ca53a0 发表于 2021-11-28 08:26:54 | 只看该作者
 
好呀~下次有搞不定的来请教你
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